De VPKB kent drie ambten, namelijk die van ouderling, diaken en predikant, oftewel dominee. Ambtsdragers worden op een democratische wijze verkozen door de gemeenteleden. De ambtsdragers vormen de kerkenraad en besturen de kerkgemeenschap.

 

De predikant heeft een universitaire opleiding gevolgd, bijvoorbeeld aan de Universitaire Faculteit voor Protestantse Godgeleerdheid te Brussel. Een predikant, die zowel man als vrouw kan zijn, mag huwen.

 

De VPKB kent geen rangorde met bisschoppen, die in leergezag boven de ander staan, maar heeft een gekozen raad (synodale raad), die in samenspraak met afgevaardigden van de plaatselijke kerken haar beleid uitvoert. Men spreekt dan ook over een presbyteriaal-synodale kerkstructuur. Er zijn ongeveer 100 VPKB gemeenten in België. Het grootste percentage bevindt zich in Wallonië.